Wenn ein politisch verfolgter Flüchtling über ein Land einreist, das als sicher gilt, erhält er in Deutschland kein Asyl. Als sichere Drittstaaten gelten die Mitgliedsstaaten der Europäischen Union sowie Norwegen und die Schweiz. Den Flüchtlingen wird die Einreise nach Deutschland verweigert oder sie werden in den Drittstaat zurück abgeschoben.

Menschen, die in Deutschland Asyl suchen, stellen beim Bundesamt für Migration und Flüchtlinge einen Antrag auf Asyl. Dort werden die Personalien aufgenommen und der Flüchtling erhält eine Aufenthaltsgestattung. Das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge nimmt den Asylantrag auf und der Asylbewerber erhält einen Termin zu einer sogenannten Anhörung, wo er die Gründe für die Flucht aus der Heimat vorträgt. Dann wird darüber entschieden, ob dem Bewerber Asyl gewährt wird. Dieser Prozess kann viele Monate - teilweise sogar Jahre - dauern.

Am 1. Januar 2015 wurde die so genannte Residenzpflicht für viele Flüchtlinge abgeschafft. Sie verbat es Asylbewerbern, ein bestimmtes Gebiet - ein Bundesland, ein Regierungsbezirk oder eine Stadt - zu verlassen, dem sie zugewiesen wurden. Seit Januar dürfen sie sich in der Regel nach Ablauf von drei Monaten frei im Bundesgebiet bewegen.

Anerkannte politische Flüchtlinge erhalten eine uneingeschränkte Arbeitserlaubnis. Für Asylbewerber und Geduldete wurde die Frist, in der sie in Deutschland nicht arbeiten dürfen, verkürzt: Ihnen ist es erlaubt, nach drei Monaten Aufenthalt zu arbeiten. Dafür müssen bestimmte Voraussetzungen erfüllt sein, beispielsweise müssen deutsche Bewerber und EU-Bürger bei der Vergabe von Tätigkeiten bevorzugt werden. Manchmal muss in konkreten Fällen auch die Bundeagentur für Arbeit zustimmen. Diese Einschränkungen entfallen nach 15 Monaten.

Anerkannte Flüchtlinge erhalten eine Aufenthaltserlaubnis für drei Jahre und auch eine Arbeitserlaubnis. Das Bundesamt für Migration und Flüchtlinge kann in diesen drei Jahren die Schutzberechtigung widerrufen, etwa wenn dem Flüchtling im Heimatland keine Verfolgung mehr droht. Wird der Schutzstatus nicht wiederrufen, kann ihnen nach drei Jahren eine unbefristete Niederlassungserlaubnis gewährt werden. Diese kann nicht widerrufen werden.

Wird kein Asyl gewährt, erhält der Flüchtling einen Ablehnungsbescheid und die Aufforderung zur Ausreise sowie eine Abschiebungsandrohung. Dabei wird eine Frist von 30 Tagen gesetzt; bei "offensichtlich unbegründeten" Anträgen beträgt die Frist sogar nur eine Woche. Als offensichtlich unbegründet wird ein Asylantrag gemäß § 30 Asylverfahrensgesetz abgelehnt, wenn der Asylvortrag widersprüchlich und nicht substantiiert genug war oder erst bei drohender Aufenthaltsbeendigung gestellt wurde. Gegen die Abschiebung kann der Asylbewerber innerhalb einer Frist entsprechend der Ausreisefrist vor dem Verwaltungsgericht Klage einreichen.

Oft dauert es lange, bis ein Flüchtling tatsächlich abgeschoben wird. Im Jahr 2014 wurden von 40.000 abgelehnten Personen rund 11.000 abgeschoben.

Ein Abschiebungsverbot gilt, wenn dem Flüchtling bei einer Rückkehr in die Heimat erhebliche Gefahr droht. Ein Abschiebungsschutz wird gewährt, insbesondere wenn die Gefahr einer wesentlichen gesundheitlichen Verschlechterung droht, z.B. weil im Heimatstaat die medizinische Versorgung fehlt.

Solange ein abgelehnter Asylbewerber nicht abgeschoben werden kann, erhält er eine Duldung. Grund kann ein von den Innenministern verhängter Abschiebestopp sein oder das Fehlen von Identitätspapieren (Reisepass). Diese Duldung gilt maximal sechs Monate und kann jederzeit widerrufen werden. Nach Angaben der Diakonie Deutschland lebten Ende 2013 rund 94.500 Personen im Duldungsstatus - etwa 10.000 von ihnen schon seit mehr als 15 Jahren. Für geduldete Personen gelten erhebliche Einschränkungen von Teilhaberechten wie etwa beim Zugang zum Arbeitsmarkt und sozialen Leistungen. Sie unterliegen ebenfalls der Residenzpflicht.

In der Vergangenheit gab es sogenannte Altfallregelungen: Flüchtlinge, die seit mehreren Jahren in Deutschland geduldet wurden, konnten unter bestimmten Bedingungen ein Bleiberecht erhalten. Sie mussten vor einem bestimmten Stichtag eingereist sein, die deutsche Sprache sprechen, ihren Lebensunterhalt selbst sichern und straffrei geblieben sein. Derzeit gibt es keine gültige Regelung, da diese Altfallregelung ausgelaufen ist

Zum 01.08.2015 ist eine neue Bleiberechtsregelung nach § 25b Aufenthaltsgesetz in Kraft getreten, die unabhängig von einem bestimmten Einreisestichtag und Alter ist. Eine Aufenthaltserlaubnis soll erteilt werden, wenn eine Person seit acht Jahren, oder wenn sie mit ihren minderjährigen Kindern in einem Haushalt lebt, seit sechs Jahren ununterbrochen erlaubt, gestattet oder geduldet ist. Voraussetzung ist, sich in der deutschen Sprache verständigen zu können und den eigenen Lebensunterhalt zumindest überwiegend selbst sichern zu können. Davon gibt es jedoch Ausnahmen, zum Beispiel während der Ausbildung oder wenn jemand aus Gesundheits- oder Altersgründen den eigenen Lebensunterhalt gar nicht sichern kann.

In der Regelung sind Mindestvoraussetzungen beschrieben, die erfüllt werden müssen. Es kann jedoch auch ein Aufenthaltsrecht erteilt werden, wenn im Rahmen einer Gesamtschau eine hinreichende Integration festzustellen ist. Der Antragsteller muss grundsätzlich straffrei geblieben sein (bis auf Bagatelldelikte wie zum Beispiel ohne gültiges Ticket unterwegs gewesen) und darf nicht über seine Identität täuschen.

Für Jugendliche und Heranwachsende gibt es eine Regelung mit niedrigeren Anforderungen. Jedoch muss der Antrag zwischen dem 16. und 21. Lebensjahr gestellt werden. Hier ist vor allem der erfolgreiche vierjährige Schulbesuch oder ein Schulabschluss Voraussetzung.

Nach § 23 des Aufenthaltsgesetzes können die obersten Landesbehörden (etwa die Senatsverwaltung für Inneres) aus völkerrechtlichen oder humanitären Gründen oder auch zur Wahrung politischer Interessen der Bundesrepublik Deutschland eine Aufenthaltserlaubnis anordnen. Allerdings muss diese Anordnung mit dem Bundesinnenministerium abgestimmt werden. Ehemals geduldete Personen, die ein Bleiberecht erhalten haben, bekommen eine Aufenthaltserlaubnis nach dieser Vorschrift.