Seit dem 1. Mai 2003 ist der Rundfunk Berlin-Brandenburg die gemeinsame Landesrundfunkanstalt der Länder Berlin und Brandenburg. Wichtigstes Aufsichtsorgan des rbb ist der Rundfunkrat. Das zweite Kontrollgremium ist der vorwiegend mit ökonomischen Befugnissen ausgestattete Verwaltungsrat.

Den rbb leitet ein vom Rundfunkrat auf die Dauer von fünf Jahren gewählter Intendant oder eine Intendantin. Darunter gliedert sich die Anstalt in eine Direktion für administrative Aufgaben (Verwaltung, Produktion und Betrieb) und eine Programmdirektion.

Die Intendantin oder der Intendant sowie die Direktorinnen/Direktoren bilden zusammen das Direktorium.